Konrad Celtis blieb nicht der einzige Humanist an der Universität während ihrer Ingolstädter Zeit. Der Mediziner Erhard Windsberger erhielt bereits im Jahr 1477 vom Herzog die Erlaubnis, neben medizinischen Vorlesungen „poetrey“ zu lesen. Zwar galt die Förderung der studia humanitatis als ein Ausdruck kulturellen Fortschritts und als Zeichen der Aufgeschlossenheit einer Universität und ihres landesherrlichen Patrons, doch war es bei Windsberger vor allem dessen eigenes Interesse an einem Nebenverdienst, das zur ersten humanistischen Vorlesung führte.
Windsbergers Nachfolger Johannes Riedner führte seine humanistische Vorlesung bereits nicht mehr als Nebentätigkeit aus. Humanistische Studien an der Ingolstädter Universität wurden schließlich vor allem mit den humanistischen Professuren von Celtis und Jakob Locher verbunden, die beide zwar keinen Doktorgrad, dafür aber den vom Kaiser verliehenen poeta-laureatus-Titel (übersetzt: lorbeergekrönter Dichter) besaßen, der einem Magister- bzw. Doktorgrad gleichkam. Daneben gab es hin und wieder private Vorlesungen von nicht an der Universität beschäftigten Humanisten.
Doch trotz des Renommees von Celtis und Locher und anderer bekannter Humanisten, wie zum Beispiel von Johannes Aventinus, verblieben die studia humanitatis in den ersten Jahrzehnten der Ingolstädter Universität in einer Außenseiterposition. Die Universitätsorganisation war für die humanistischen Professoren ungünstig und Reformvorstellungen stießen auf taube Ohren, was an der scholastischen Tradition der Artistenfakultät sowie an der geringen Aktivität des Landesherrn lag. Erst die Fakultätsreform von 1526 ebnete den Weg zu einer besseren Integration der studia humanitatis. Besonders ab Mitte der 1540er Jahre erlebte der Humanismus in Ingolstadt durch Herzog Wilhelm IV. eine Blütezeit, in der viele berühmte humanistische Persönlichkeiten, wie zum Beispiel Peter Apian oder Vitus Amerbach, an der Hohen Schule lehrten.
1549 besetzte der Herzog die ersten theologischen Lehrstühle mit Jesuiten. 1558 erhielt der Orden einen weiteren Lehrstuhl an der Artistenfakultät. Mit der Zeit erhöhte sich die Zahl der jesuitischen Professuren, was zu Spannungen und in der Artistenfakultät zur Verdrängung weltlicher Professoren führte. Der humanistische Fächerkanon wurde in das jesuitische Studiensystem überführt. 1585 wurden die letzten weltlichen Professoren der Artistenfakultät entlassen.
