Das Jesuitenkolleg in Ingolstadt | © Stadtarchiv Ingolstadt
Petrus Canisius, Claudius Jajus und Alfons Salmeron waren die ersten drei Jesuiten, die am 13. November 1549, ausgestattet mit einer Instruktion des Ordensgründers Ignatius von Loyola, in Ingolstadt eintrafen. Die Universität befand sich zu diesem Zeitpunkt in einer Krise und der Theologischen Fakultät ging das Personal aus. Die bayerischen Herzöge aber waren auf gut ausgebildete Kleriker angewiesen, zumal man an der Katholizität des Landes festhielt.
Wilhelm IV. wollte eine Reform der Universität und des theologischen Studiums erreichen. Deswegen trat er in Verhandlungen mit dem Jesuitenorden zwecks Entsendung von fähigen Theologen an die Landesuniversität.
Petrus Canisius hielt am 16. November 1549 seine Antrittsvorlesung an der Ingolstädter Universität. Er wurde nicht nur Professor, sondern auch Rektor, Seelsorger und Vizekanzler. Erstmals wurden nun an einer deutschen Universität Lehrstühle mit Jesuiten besetzt. Deren Lehrtätigkeit in Ingolstadt förderte zugleich die Entwicklung der Societas Jesu zum herausragenden Lehrorden der Gegenreformation.
1552 hatten die Jesuiten allerdings kurzzeitig Ingolstadt verlassen, da sich der Bau eines Kollegs verzögert hatte. Da die Mängel in der Klerikerausbildung weiterhin bestanden, holte Herzog Albrecht V. die Jesuiten zurück, mit dem Versprechen, rasch ein Kolleg zu errichten. Dafür sicherte der Orden die Stellung zweier Theologieprofessuren zu, eine dritte folgte später. 1558 erhielten die Jesuiten ihren ersten Lehrstuhl in der Artistenfakultät. Weitere folgten, bis der Orden 1585 schließlich über alle Professuren an der Artistenfakultät verfügte. 1675 bekamen die Jesuiten den in der Juristischen Fakultät angesiedelten Lehrstuhl für Kirchenrecht zugesprochen.
Die Societas Jesu entsandte vielfach herausragende Gelehrte an die Ingolstädter Universität. Jakob Gretser, ein bedeutender katholischer Theologe des 16. Jahrhunderts, oder Christoph Scheiner, der Entdecker der Sonnenflecken, sind dafür nur zwei Beispiele.
Trotz früher Kritik und Ressentiments gegen die Jesuiten kam das Ende des Ordens erst im 18. Jahrhundert, als die konfessionellen Gegensätze langsam abgeklungen waren und staatliche Bildungsreformer den Orden als hinderlich empfanden. Eine Phase der Modernisierung hatte an der Universität eingesetzt, die zur Lasten der Jesuiten ging. Das päpstliche Breve vom 21. Juli 1773 hob die Societas Jesu schließlich auf und machte endgültig den Weg für Reformen frei.