Im 18. Jahrhundert begann an der Universität eine Phase der Modernisierung: Studieninhalte wurden überarbeitet, gleichzeitig nahm die staatliche Aufsicht zu. Erkennbar wurde dies zuerst an der Medizinischen Fakultät, die durch den kurfürstlichen Leibarzt Johann Anton von Wolter grundlegend reformiert wurde. Der Beginn der Modernisierung in Ingolstadt ist aber vor allem mit dem Namen Johann Adam von Ickstatt verbunden, der 1746 von Kurfürst Max III. Joseph als Direktor der Ingolstädter Universität eingesetzt wurde. Ickstatt musste seine Reformen gegen den Widerstand der Jesuiten durchsetzen, weswegen er die von Jesuiten dominierten Fakultäten von Reformen ausklammerte und sich vor allem mit der Neuordnung und der Modernisierung der Juristenfakultät zufriedengab.
Mit der Aufhebung des Jesuitenordens 1773 konnte auch die Reform der Theologischen und Philosophischen Fakultät angegangen werden. Allerdings griff man, in Ermangelung personeller Alternativen, bei der Neubesetzung der Lehrstühle auch auf Ex-Jesuiten zurück. Diese mussten acht Jahre später endgültig gehen, als den bayerischen Prälatenorden die Besetzung jener Professuren übertragen wurde. Maximilian von Montgelas, seit 1799 der leitende Minister unter dem neuen Kurfürsten Max IV. Joseph, stärkte noch einmal die aufklärerische Ausrichtung der Universität, indem er versuchte, die Professuren mit Männern der Aufklärung zu besetzen und die Prälatenorden zu verdrängen.